Génomique Microbienne Environnementale

Logos Genomenviron and Ampere
Laboratoire Ampère
Ecole Centrale de Lyon . France
(33) 472 18 65 14

 

Et Bing!
micro
puce

Au sein du Laboratoire Ampère à l’Ecole Centrale de Lyon (Université de Lyon), l’équipe de Génomique Microbienne Environnementale examine des sujets de recherches variés sur les mécanismes fondamentaux de l’adaptation bactérienne tels que les transferts horizontaux de gènes et la synthèse de novo de gènes liés aux perturbations environnementales causées par les activités humaines comme l’exploitation de mines de Nickel et les pollutions environnementales. D’importantes questions sociétales sont également adressées telles que le devenir des transgènes de plantes transgéniques, la découverte de molécules d’intérêt, l’impact de l’activité humaine sur les environnements extrêmes, le devenir des composés chimiques REACH et la bio-remédiation des eaux et sols contaminés.


Pour répondre à ces différentes questions, l’approche technologique commune employée est basée sur les méthodes métagénomiques. Les techniques métagénomiques permettent d’accéder à la communauté microbienne totale en s’affranchissant des biais associés aux approches dépendant de la culture (Présentation Métagénomique 2008).  Parmi les méthodes fréquemment employées, on peut citer : la production et le criblage de banques de clones, l’utilisation de puces phylogénétiques, la quantification de gènes fonctionnels via RT-PCR et le séquençage à haut débit direct ADN/ARN environnemental (ex: avec leMiSeq au laboratoire). Ces approches métagénomiques sont utilisées pour résoudre les questions scientifiques concernant les sujets de recherches précédemment cités ainsi que l’écologie microbienne d’environnements divers come le tube digestif humain, la peau humaine ou encore le manteau neigeux Arctique impacté par le dépôt de Mercure.

Cette équipe bénéficie également des compétences  des ingénieurs électriques de l’Ecole Centrale afin de travailler sur des projets collaboratifs tels que l’impact de la foudre sur les transferts de gènes et les effets potentiels de la foudre sur la bio-remédiation des sols ou encore la production d’électricité via des biopiles.

Donc, nos recherches sont catégorisés comme de la microbiologie environnemental, génie écologique, et écologie microbienne.

 

   

24 JAN 2007